Le choix des indicateurs de santé dépend du type d'enquête réalisé. Le type d'enquête retenu est une fonction des objectifs à atteindre et de la faisabilité de l'étude. le type d'enquête envisagé détermine le type d'indicateur à évaluer. Par exemple : dans une étude transversale l'indicateur privilégié sera une prévalence, dans une étude de cohorte, une incidence.
Il faut également s'enquérir des moyens nécessaires à développer pour que ces indicateurs soient mesurables. Dans le cas de la morbidité c'est la définition de la maladie qu'il faut bien préciser. Quels critères choisir pour la définir ? Quels examens, avec quel fiabilité, quelle reproductibilité ?
Il faut définir précisément le moment de la mesure des indicateurs de santé dans le cadre de l'étude et dans l'histoire de la maladie.